El Departamento de Genética y Biología Molecular Te invita a realizar tu tesis de Licenciatura en nuestros Laboratorios
RECURSOS EN LINEA:
- MEDLINE
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi ,
http://www.scirus.com/srsapp/
- Análisis de secuencias de DNA.
- Acceso a secuencias de DNA:
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
http://www.ebi.ac.uk/embl/Access/index.html
- Acceso a genomas completos
www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
http://www.tigr.org/tdb/
- Conversión a formatos FASTA, GCG, Pearson, etc
http://thr.cit.nih.gov/molbio/readseq/ ,
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/readseq-simple.html
- Conversión de secuencia a reversa, complementaria y reversa complementaria:
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/rev_comp.html
http://biology.semo.edu/cgi-bin/dnatools.pl
- Predicción de regiones promotoras:
http://bmi.osu.edu/bioinformatics/index.php
http://rulai.cshl.edu/SCPD/ ,
http://www.epd.isb-sib.ch/ ,
http://margalit.huji.ac.il/ ,
http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/
- Predicción de sitios de unión a factores transcripcionales:
http://www.genomatix.de/cgi-bin/matinspector_prof/mat_fam.pl?s=eabd9a3f188f5b276aaa00a3445cdcbe ,
http://www.gene-regulation.com/index.html ,
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html
http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl ,
http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home ,
http://www.cbil.upenn.edu/MTIR/HomePage.html
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/signal/
- Predicción de ORFs:
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/orf_find.html ,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html ,
- Traducción de secuencias de DNA en proteína:
http://au.expasy.org/tools/dna.html
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/sixframe.html ,
http://www.in-silico.com/s_translate/ (usando código específico)
- Obtención de patrones de restricción enzimática:
http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php ,
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/rest_map.html
- Ensamblaje de secuencias
http://bio.ifom-ieo-campus.it/
- Eliminación de secuencias de vector de la secuencia de análisis
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html
- Análisis de homología mediante alineamiento de 2 secuencias local y global. Blast y aplicaciones, Psi-blast, FASTA, LALIGN, Clustal W, etc. Alineamiento múltiple. Tcoffe. NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
CMS
- Base de datos de Saccharomyces cerevisiae
http://www.yeastgenome.org/
- Análisis de secuencias de RNA.
- Bases de datos:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/
- Predicción de estructura.
Energía libre: Análisis de traducción de secuencias in silico.
Búsqueda de sitios de splicing:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/mfold-simple.html
http://rulai.cshl.edu/new_alt_exon_db2/HTML/score.html ,
http://rulai.cshl.org/tools/genefinder/
- Búsqueda de patrones en RNA
http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/scanner.html
- Uso del algoritmo LOGO para análisis de secuencias:
http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/
- Base de datos de RNA de todos los tRNAs:
http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/Baci_anth_str_Sterne/
- Análisis de secuencias de tRNA:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/trnascan-simple.html
- Análisis de Secuencias de proteínas.
- Acceso a secuencias de proteínas
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ,
http://www.expasy.ch/sprot/
- Cálculo de Peso molecular de proteínas:
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/protein_mw.html
- Cálculo de composición de aminoácidos:
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/protein_stats.html
- Calculo de punto isoeléctrico
http://au.expasy.org/tools/pi_tool.html ,
http://www.ualberta.ca/%7Estothard/javascript/protein_iep.html
- Homología e Identidad en WWW. PROSITE, BLOCKS:
http://blocks.fhcrc.org/blocks/blocks_search.html ,
http://meme.sdsc.edu/
Predicción de estructuras secundarias:
NNPredict:http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html ,
http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan ,
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html
- Predicción de dominios transmembranales:
http://www.sbc.su.se/%7Emiklos/DAS/ ,
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ ,
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
http://www.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl ,
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html
- Determinación de Propiedades fisicoquímicas de proteínas
http://ca.expasy.org/tools/protparam.html
- Acceso a bases tridimensionales de estructuras de proteínas:
http://www.rcsb.org/pdb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure ,
http://www.imb-jena.de/
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html ,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/
- Introducción a Programas Visualizadores de estructura de proteínas.:
RASMOL, http://www.chemistry.wustl.edu/~edudev/rasdir.html
Cn3D,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml
- Predicción de estructura terciaria:
http://au.expasy.org/tools/ (swiss model, then first approach mode)
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/ ,
- Alineamiento Local y global de proteínas basado en secuencia:
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- Alineamiento de proteínas con base a estructura:
WebSpritPT:
- Identidad de proteínas a partir de espectrometría de masas.
http://prospector.ucsf.edu/ ,
http://www.expasy.org/tools/peptide-mass.html
http://wolf.bms.umist.ac.uk/mapper/ ,
http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl?FORMVER=2& SEARCH=PMF .
- Determinación de epitopes antigénicos tipo I (células B) y tipo II (células T).
http://www.imtech.res.in/raghava/propred1/index.html ,
http://margalit.huji.ac.il/
- Rutas bioquímicas/metabólicas y bases de datos especializadas
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb ,
http://www.ecocyc.org ,
http://www.brenda.uni-koeln.de/index.php4 ,
Péptidos antimicrobianos:
http://aps.unmc.edu/AP/main.php ,
Nuclear receptor resource:http://www3.georgetown.edu/gumc/bgro.html ,
Rutas de transducción:http://www.signaling-gateway.org/ ,
Human Brain database: http://senselab.med.yale.edu/senselab/ ,
Propiedades bioquímicas de proteínas: http://www.expasy.ch ,
Base de datos de moléculas animadas http://atlas.villa-bosch.de/dbase/dsmm/