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  • 24 / 04 / 2017
Cinvestav - Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N.

Requisitos

ADMISIONES PROGRAMA DE MAESTRÍA EN CIENCIAS

CONVOCATORIA 2017

Inscripciones a partir del mes de Mayo 2017.

Requisitos indispensables:

1) Tener o estar por obtener el grado de Licenciatura dentro del área de las Ciencias Naturales o Exactas. Una vez aceptado en el programa se deberá presentar OBLIGATORIAMENTE Y A MÁS TARDAR el último día hábil de Agosto el título o acta de examen de la Licenciatura.
2) Haber obtenido un PROMEDIO MÍNIMO DE 8.0 (escala de 0 a 10) en la Licenciatura. Estudiantes con estudios en el extranjero deberán presentar una carta oficial ante la Coordinación Académica donde se manifieste que los estudios acreditados son equivalentes a estudios que se imparten en México (Apostillado) y que el promedio debe ser equivalente cuando menos al 8.0 que solicita el programa y el CONACyT para admisión y otorgamiento de becas.
3) Presentar resultado con un puntaje mínimo de 1100 del examen EXANI III en Investigación del CENEVAL. Este es un examen estandarizado de aplicación nacional para Ingreso al Postgrado. En cada aplicación se establecen sedes en diversas ciudades de la República. En la página http://www.ceneval.edu.mx puede consultar la información necesaria para presentar este examen.
4) Acreditar con un PROMEDIO MÍNIMO DE 8.0 el curso de prerrequisitos "Biomoléculas I”. Inicia el lunes 12 de junio 2017.
5) Constancia de traducción y comprensión de la lectura del idioma Inglés reciente (no mayor a un año). Para acreditar el nivel en el uso del idioma, presentar examen estandarizado TOEFL (ITP) con un SCORE MÍNIMO DE 450 o equivalente (Cambridge). Cualquiera de ambos comprobantes deberá presentarse con UNA VIGENCIA MÁXIMA DE DOS AÑOS a la fecha de inicio del curso prerrequisitos de Biomoléculas I.
6) Presentar una entrevista e interrogatorio oral con el comité de aceptación de ingreso al posgrado del DGBM. La entrevista podrá ser en idioma Español o Inglés a discreción del comité. La Coordinación Académica asignará las fechas de las entrevistas inmediatamente después de que se publiquen las calificaciones finales del curso de prerrequisitos Biomoléculas I.
7) Dedicar tiempo completo al programa.

Para cumplir con los requisitos del 3 al 5, es necesaria su presencia en la Ciudad de México durante el proceso de admisión a Maestría. Sin embargo, para aquellos candidatos que no puedan estar en la Ciudad de México, estos requisitos pueden ser sustituidos por el examen GRE (Área de: Bioquímica con un SCORE MÍNIMO DE 500 Y VIGENCIA MÁXIMA DE DOS AÑOS al inicio del curso de Biomoléculas I). Los centros donde se presentan estos exámenes de acuerdo al lugar de origen pueden consultarse en www.gre.org. Es necesario entregar o enviar el resultado del examen GRE antes del mes de Junio 2017.

8) LA CARTA DE ACEPTACIÓN AL PROGRAMA SERÁ EXPEDIDA HASTA QUE SE FINALICE EL PROCESO DE SELECCIÓN (DESPUÉS DE LA ENTREVISTA).

Documentos para presentar INMEDIATAMENTE DESPUÉS DE APROBAR el curso de prerrequisitos Biomoléculas I:

  • Original y copia de la solicitud de admisión (Original y Copia)
  • Original y dos copias del Examen Profesional y Titulo de Licenciatura
  • Original y dos copias del certificado de estudios al 100% de créditos de Licenciatura (que muestre un promedio mínimo de 8.0)
  • Original y dos copias del CURP
  • Original y dos copias de la credencial de elector vigente
  • Dos copias del currículum vitae (sin engargolar y sin comprobantes)
  • Dos cartas de recomendación con copia
  • Dos fotos tamaño infantil recientes a color o en blanco y negro
  • Dos copias de constancias o certificados de otros estudios cursados y/o otras actividades del periodo 2014-2016.
  • Original y copia de la constancia de inglés con vigencia de un año.
  • Original y copia Resultado del EXANI-III Investigación del CENEVAL con vigencia de un año.
  • Copia certificada y dos copias fotostáticas del acta de nacimiento

Los documentos personales originales son necesarios para cotejar pero serán devueltos una vez concluido el proceso de inscripción. La Coordinación del DGBM no retiene ni guarda documentación original.

Nota importante: Para registrarse como candidatos al programa, enviar al correo electrónico gmora@cinvestav.mx la siguiente información:

  • Nombre Completo
  • R.F.C.
  • CURP
  • Cédula
  • Lugar y fecha de Nacimiento
  • Estado Civil
  • Domicilio
  • Colonia
  • Delegación o Municipio
  • Teléfono
  • Correo electrónico
  • Carrera de Licenciatura
  • Escuela de Procedencia
  • Promedio Final
  • Fecha de Titulación o fecha tentativa
  • Constancia de inglés de una Institución Reconocida (o fecha e institución en que lo presentará)
  • Resultado del EXANI III-Investigación del Ceneval (o fecha en que lo presentará)

Estructura del plan de estudios (Maestría)

Biomoléculas I (Curso prerrequisitos 3 semanas)

Primer Semestre

Biomoléculas II (5 semanas)

Estructura y fisiología celular (5 semanas)

Expresión y manipulación génica (13 semanas)

Ciencias genómicas y sus aplicaciones en la salud (5 semanas)

Segundo Semestre

           -  Bioinformática (3 semanas)

           - Trabajo experimental de tesis

           - Seminario de investigación

Tercer semestre

Trabajo experimental de tesis

Seminario de investigación

Cuarto semestre

Trabajo experimental de tesis

Seminario de investigación

CURSO DE BIOMOLECULAS I (3 semanas) Coordinadores: Dra. María de Lourdes Muñoz Moreno y Dr. Luis Kameyama Kawabe

Propiedades del agua: Propiedades físicas del agua, Estructura del agua líquida, El agua como disolvente , Puentes de hidrógeno  y Porque las sustancias son solubles en agua . Equilibrio ácido base: Conceptos de acides y alcalinidad (pH), soluciones amortiguadoras, Amortiguadores utilizados en la e perimentación biológica, Como seleccionar el mejor amortiguador, Molaridad, número  de moles. normalidad, modalidad, Preparación y conversión de soluciones. Termodinámica: Conceptos fundamentales en termodinámica, Fuerzas intermoleculares y propiedades de la materia,  Energía, primer principio de la termodinámica, Entropía, segundo principio de la termodinámica, Energía libre de Gibbs, Bioenergética: trabajo químico,mecánico, de transporte, Potencial químico y ósmosis. Interacción Macromolécula-Ligando: Constante de equilibrio (Keq), Constante de asociación (KA) y disociación (KD), Asociación a un solo sitio (Gráfico de Scatchard), Asociación en sitios múltiples (microscópica y macroscópica), Asociación cooperativa (Gráfico de Hill). Catálisis Enzimática: Cinética Enzimática Teorías de la catálisis enzimática (Michaelis-Menten), Cinética enzimática, Constantes características de cada enzima (Km y Vm), Inhibidores. Diferentes tipos de inhibidores, Regulación de la actividad enzimática. Alosterismo. Química de lípidos: -Clasificación de lípidos saponificables e insaponificables. Los ácidos  grasos y sus combinaciones con el glicerol (lípidos compuestos), acilgliceroles y fosfolípidos. Los derivados de esfingosina y los esteroles  (colesterol, estrógenos, andrógenos,etc.). -Función de los lípidos. Energética, reserva de agua, producción de calor, - Importancia de los lípidos en la estructura de las membranas. Efecto de  los diferentes tipos de ácidos grasos (saturados e insaturados) y del  colesterol, informática, catalítica. Química de carbohidratos: Clasificación: mono, di, y polisacáridos, Función de los polisacáridos; Energética, Estructural, Informativa,  Reserva, Detoxificantes, Mucopolisacáridos

CURSO DE BIOMOLECULAS II (5 semanas) Coordinadores: Dr. Luis Marat Alvarez Salas y Dr. Jaime García Mena.

Descripción del Curso: El curso es un requisito curricular dentro del programa de Maestría del Departamento de Genética y Biología Molecular. Como curso obligatorio, su primer objetivo es el brindar al estudiante un conocimiento básico de la estructura y función de ácidos nucleícos y proteínas que  les permita  entender mecanismos complejos asociados a fenómenos genéticos. Además, el curso busca proporcionar conocimientos básicos en Biología estructural de proteínas y ácidos nucleicos para que los estudiantes tengan conocimientos  sobre las funciones de estas macromoléculas en su ámbito natural. PARTE I. QUÍMICA DE ÁCIDOS NUCLEICOS 1. Propiedades químicas y estructura de ácidos nucleicos: Composición química, Nucleótidos, Estructura primaria y secundaria del DNA,  Doble hélice, Moléculas lineales y circulares, Topología, Estructura del RNA (primaria, secundaria y terciaria), Clases del RNA, Tipos de RNA (hnRNA, rRNA, tRNA, mRNA, ncRNA, siRNAs y miRNAs. 2.- Factores que determinan la estructura de los ácidos nucleicos: Desnaturalización, re-naturalización e hibridación.3.- Metabolismo de nucleótidos: Síntesis y degradación de Purinas y Pirimidinas. 4.- Relación estructura-función de ácidos nucleicos: Interacción con cationes y proteínas, Modificaciones biológicas, Metilación bacteriana y eucariótica.5.- Síntesis, purificación, fraccionamiento y secuenciación de ácidos nucleicos: Métodos químicos y físicos  de purificación, Fraccionamiento de ácidos nucleicos, Electroforesis en gel (nativa y desnaturalizante), Electroforesis capilar, Tamices moleculares, Filtración, Ultracentrifugación, Síntesis por fosforamiditas, Síntesis enzimática, Marcaje de ácidos nucleicos, Secuenciación química (Maxam & Gilbert), Secuenciación por terminación de cadena (ddNTPs), Pirosecuenciación, Secuenciación genómica. 6.- Otros métodos de análisis para ácidos nucleicos: Análisis molecular de ácidos nucleicos, Mapeo por nucleasas, Análisis de restricción, Métodos de hibridación, Inmovilización en sustratos sólidos (Blotting), Microarreglo7.- Acidos nucleicos como herramientas moleculares.- Reacción en cadena de la polimerasa (PCR, qPCR y RT-PCR), Reacción en cadena de la ligasa (LCR), DNA origami, Biosensores. PARTE II. QUIMICA DE PEPTIDOS Y PROTEINAS.8.- Propiedades químicas: Propiedades y clasificación de los aminoácidos; el esqueleto polipeptídico, Estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria, plegamiento de proteínas, detección de aminoácidos, péptidos y proteínas, Síntesis de polipéptidos. 9.-  Interacciones físicas que determinan las propiedades de las proteínas: Interacciones no-covalentes; proteínas en soluciones acuosas; interacciones hidrofóbicas; interacciones intramoleculares; plegamiento de las proteínas; interacciones con otras moléculas (complejos proteínas-ligando); energía y dinámica de unión; relación entre conformación de la proteína y unión; interacciones alostéricas; Cooperatividad. 10.- Modificaciones de las proteínas: Fosforilación, acetilación, glicosilación, ubiquitinación y sumoilación. 11.- Estructura y función de las proteínas: Sitios activos, dominios, etc., vida media y mecanismos de degradación; interacciones con otras moléculas, complejos proteína-ligando, energía dinámica de unión, relación entre conformación de la proteína y unión, interacciones alostéricas (cooperatividad)., catálisis enzimática, cinética enzimática, teorías de catálisis enzimática, regulación dela actividad enzimática. 12.- Métodos de purificación de péptidos y proteínas: Estrategias de purificación de las proteínas, solvatación, tamices moleculares, cromatografía de afinidad y de intercambio iónico, isoelectroenfoque, eletroforesis en gel uni, bidimensional y electroforesis capilar, HPLC, FPLC. 13.- Métodos de análisis de péptidos y proteínas: Composición aminoacídica (secuencias, naturaleza de las secuencias de aminoácidos); detección de aminoácidos, péptidos y proteínas; espectrometría de masas; determinación del tamaño de las proteínas (análisis de sedimentación; filtración en gel; electoforesis en geles de poliacrilamida). 14.- Determinación de las estructura covalentes de las proteínas: Cristalografía y difracción de rayos X; determinación de la estructura por NMR; microscopia electrónica; predicción de la estructura proteica. 15.- Métodos de estudio de interacción entre proteínas.- Entrecruzamiento químico (crosslinking); ensayos de cosedimentación (pull-down; immunoprecipitación); resonancia de superficie (Surface plasmon resonance, SPR); transferencia de energía de resonancia fluorescente (fluorescence resonance energy transfer, FRET); ensayo de doble híbrido en bacterias y levaduras (bacterial and yeast two-hybrid). Complejos enzimáticos (RNA polimerasa, DNA polimerasa; exosoma, RNA degradosoma). 16.- Predicción de la estructura proteíca. Métodos de interacción entre proteínas. 17.- Proteínas y su función en el sistema inmune: Anticuerpos, complejos de histocompatibilidad, receptor de células T y B y presentación de antígeno. 18.- Síntesis química de pétidos.

​​CURSO DE ESTRUCTURA Y FISIOLOGIA CELULAR (5 semanas) Coordinares: Dr. José Efraín Garrido Guerrero y Dr. Bulmaro Cisneros Vega.
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1. Bacterias. A). Componentes de la célula procarionte: pared celular, periplasma, membrana, citoplasma, flagelo y pili. Genomas bacterianos, organización cromosomal, estructura del nucleoide, elementos extracromosomales. B). Factores de patogenicidad y virulencia, toxinas bacterianas: sitios de acción, genética de las toxinas, mecanismos para la identificación de factores de patogenicidad (IVET). Procesos Celulares: quimiotaxis, motilidad, adhesión, secreción, “quorum sensing”. 2. Organismos eucariontes. A). Membranas celulares externas: estructura de las membranas celulares y plasmáticas. Transporte a través de la membrana: difusión; electro-difusión; diálisis; osmosis; soluciones isotónicas, hipertónicas e hipotónicas, presión de turgencia. Transporte de moléculas pequeñas. Difusión facilitada, transporte activo mediado, sistema de co-transporte, sistema de transporte múltiple integrado, transporte de grandes moléculas a través de las membranas; potencial de membrana en reposo, impulsos eléctricos. Función interacción: célula-ambiente: Adhesión, Motilidad, interacción célula-célula. (Uniones estrechas, adherentes). Hormonas, citocinas. B). Matriz extracelular. Receptores: a) Composición. b) Organización. c) Lámina basal. d) Funciones. C). Estructura y función de la cromatina. Definición de cromatina, estados, y funciones en ciclo celular y en células madre y en células somáticas. Histonas y proteínas no-histónicas asociadas al DNA y su efecto sobre la estructura de la cromatina, la organización nucleosomal y la actividad génica Modificación de las histonas y sus consecuencias: metilación. acetilación, ubiquitinación, fosforilación, sumoilación. HMTs, DNMTs, HATs y HDACs. Complejos remodeladores de la cromatina. Regulación genética por micro RNAs. Metilación del DNA. 3. Virus. Aspectos históricos del estudio de los virus. Métodos de estudio de los virus. Clasificación. Morfología y ultraestructura de los virus. Ciclo de vida de los virus. Adsorción y reconocimiento de receptores en la célula huésped, penetració,ategias de replicación, transporte intracelular de los componentes virales. Ensamblaje, maduración y salida de la progenie viral. 4. Organismos eucariontes (continúa). D). Cloroplastos: estructura y función. Fotosíntesis. Mitocondrias: estructura, función. Transporte de moléculas hacia y desde la mitocondria. Respiración y producción  de energía. Replicación y traducción. E). Núcleo: estructura y función. Subestructuras: poro, nucleolo, matriz nuclear, nucleosoma, genomas. Trafico de moléculas hacia y desde el núcleo. Complejo de poro nuclear. Señales de importe y exporte nuclear. Mecanismos de importe y exporte nuclear. F). DNA mitocondrial. Genoma. Evolución. Genética Poblacional. Filogenia. G). Cloroplastos. Genoma. Evolución. Genética Poblacional. Filogenia Ribosomas, composición y función. Retículo endoplasmático liso y rugoso, Composición y función. Aparato de Golgi: composición y función. Lisosomas, vacuolas, microcuerpos (ej. Peroxisomas plastidos). H). Citoesqueleto: microtúbulos, microfilamentos, centríolos. Filamentos intermedios. Función del citoesqueleto. I). Duplicación celular y manejo de la información genética. División celular: Mitosis y meiosis.  5. Hongos. Clasificación de hongos. ascomycota. basidiomycota. zygomycota. hongos imperfectos. morfología. 1.- Levaduras. 2.- Hongos filamentosos. 3.- Hongos dimórficos.  Crecimiento: Radial, polarizado. Síntesis de pared celular: proteínas, glucanas, quitina. Diferenciación y medio ambiente. Genética molecular de: Sacharomyces cerevisiae. Dictyostelium. Candida. Phycomyces.  Hongos de interés agronómico, y de interés médico. 6. Procesos celulares en eucariontes. Metabolismo, Movimiento, Irritabilidad, Fagocitosis, Secreción, Pinocitosis, Tráfico vesicular, Crecimiento, Diferenciación celular, Apoptosis. 7. La célula como un sistema complejo. Células especializadas: sistema inmune: Células y órganos del sistema inmune, inmunidad innata, inmunidad adaptativa, células presentadoras de antígeno, linfocitos B y linfocitos T. 8. Tecnología y metodología de estudio de las células. A). Microscopía electrónica. B). Cultivo celular y “cell sorting”.

CURSO DE EXPRESION Y MANIPULACION GENOMICA (11 semanas) Coordinadores: Dra. Silvia Cecilia Irene Montañez Ojeda y Dr. Javier Hernández Sánchez.
Primera sesión: introducción al curso, lineamientos generales. Replicación del DNA en procariontes. Replicón. Inicio y terminación de la replicación. Características de los orígenes, factores y su regulación. Mecanismo de la replicación asimétrica por la holoenzima DNA-polimerasas III de E. coli.  Procesividad por el homodímero “b-clamp.” Primasas, helicasas y topoisomerasas (replicosoma). Formas diferentes de la replicación (dsDNA, ssDNA, en plásmidos y bacteriófagos). Mecanismos de regulación de la replicación. Replicación del DNA en eucariontes. Replicón. Inicio y terminación de la replicación. Características de los orígenes y factores de replicación. Función de las diferentes DNA polimerasas. Procesividad por PCNA. Primasas, helicasas y topoisomerasas (replicosoma). Sistemas modelo. Secuencias de replicación autónoma, centrómeros y telómeros. Estructura de la cromatina. Proteínas asociadas al DNA y su efecto sobre la organización nucleosomal y el grado de compactación. Modificación de histonas y otras proteínas asociadas al DNA: metilación. acetilación, ubiquitinación, fosforilación, sumoilación. Complejos modificadores de la cromatina. Recombinación del DNA en procariontes. Mecanismos de la recombinación generalizada y sitio-específica. Maquinaria enzimática de la recombinación (recombinosoma). Estructuras, transposición, transformación, transducción, conjugación. Reparación del DNA en procariontes. Mecanismos de reparación. Maquinaria enzimática (reparosoma). Recombinación del DNA en eucariontes. Mecanismos de la recombinación homóloga, no homóloga  y dirigida. Maquinaria enzimática de la recombinación (recombinosoma). Estructuras. Transfección estable. Translocación cromosómica. Amplificación génica. Meiosis. Generación de diversidad: anticuerpos. Reparación del DNA en eucariontes. Lesiones en el DNA (modificaciones químicas, rompimientos de cadena sencilla y doble). Detección de daño. Mecanismos de reparación: homóloga, no homóloga y postreplicativa. Maquinaria enzimática (factores encargados de sensar el daño, de repararlo, etc.) (reparosoma).  Replicación de virus DNA. Transcripción en procariontes. Operón. Mecanismos de la iniciación, elongación, terminación. Promotores, regiones reguladoras, secuencias terminadoras y RNA polimerasas (transcriptosoma). Mecanismos de regulación (antiterminación, atenuación, efecto polar). Remodelado de la cromatina. Complejos de transcripción. El acoplamiento de la remodelación de la cromatina, la transcripción y el procesamiento del RNA. Regulación epigenética. Conexión entre metilación de histonas y de DNA. Acetilasas y activadores, desacetilasas y represores. Imprinting y metilación. Herencia de efectos epigenéticos. Transcripción en eucariontes. Estructura de los genes. Mecanismos de la iniciación, elongación, terminación. Promotores, regiones reguladoras (potenciadores y silenciadores), RNA polimerasas, factores generales y coreguladores de la transcripción (transcriptosoma). Clasificación de los factores de transcripción. Mecanismos de regulación (activación y represión). Transcripción constitutiva e inducible. Obtención del transcrito maduro. Señales de poliadenilación. Poliadenilación alternativa, CAP. Edición del RNA. Transporte de RNA. RNA pequeños, NMD (nonsense mediated degradation). Regulación postranscripcional en procariontes. Determinantes del RNA que participan en la regulación (estructura primaria, secundaria y terciaria; poliadenilación), factores proteicos que participan en la regulación (exonucleasas, endonucleasas, poliadenilasas). Complejos multienzimáticos que participan en la regulación (RNA degradosoma de Escherichia coli, exosoma y otros complejos de degradación de arqueas). Mecanismos moleculares (procesamiento de mRNA, apagadores de RNA, microRNAs, retroregulación). RNA catalíticos o ribozimas. Regulación postranscripcional en eucariontes. Determinantes del RNA que participan en la regulación (estructura primaria, secundaria y terciaria; poliadenilación), factores proteicos que participan en la regulación (exonucleasas, endonucleasas, poliadenilasas). Complejos multienzimáticos que participan en la regulación (exosoma de Saccharomyces cerevisiae y otros complejos de degradación de mitocondria y cloroplasto). Mecanismos moleculares (decaimiento de mRNA en respuesta a transducción de señales, procesamiento de RNA, interferencia de RNA, retención nuclear de mensajeros). RNA catalíticos o ribozimas. Traducción en procariontes. Componentes del sistema: t-RNA, biosíntesis, maduración y estructura, aminoacil-tRNA sintetasas; Ribosoma, biosíntesis, estructura y ciclo. Inicio, elongación y terminación. tmRNA y degradación de mensajeros incompletos. Uso de codones. Regulación de la traducción. Fenómenos alternativos de traducción (cambio de marco de lectura, incorporación errónea, deslizamiento del ribosoma). Minigenes. Modificaciones postraduccionales. Traducción en eucariontes. Componentes del sistema: t-RNA, biosíntesis, maduración y estructura, aminoacil-tRNA sintetasas, ribosoma, biosíntesis, estructura y ciclo. Inicio, elongación y terminación. Degradación de mensajeros sin codón de paro o con codones de paro internos. Regulación de la traducción. Modificaciones postraduccionales. uORFs. Bases de la señalización. Transducción de señales. Señales a través de la membrana plasmática. Fosforilación de proteínas. Proteínas cinasas, fosfatasas. Segundos mensajeros. Sistemas efectores. Receptores. Regulación de la señal. Desensibilización. Cross-talk entre vías de señalización. Señalamiento intracelular. Tráfico de proteínas. Señalamiento nuclear y transcripción. Señalización en los linfocitos. Citocinas, quimiocinas y función inmune. Activación de linfocitos y mecanismos que la regulan. Regulación en eucariontes por hormonas y vitaminas. Mecanismos de patogenia viral. Virus de RNA y Virus de DNA: producción de mRNA, transcripción reversa e integración, procesamiento de pre-mRNA viral, estrategias de transcripción y control traduccional. Virus emergentes. Regulación de la expresión en virus I. Regulación de la expresión en virus II. Regulación de la expresión genética en bacterias. Regulones, regulación global, respuesta SOS, estrés, esporulación,  citoesqueleto bacteriano. Quórum sensing, Clonación, introducción y expresión de genes.  Transformación, conjugación y transducción. Regulación de la expresión en bacteriófagos. Metodología en Expresión y Manipulación Génica.

CURSO DE CIENCIAS GENÓMICAS Y SUS APLICACIONES EN LA SALUD: (5 semanas) Coordinadores: Dr. Jaime García Mena y Dr. Luis Kameyama Kawabe.
Orígenes de la Genómica. Genomas de Procariontes y Eucariontes. Estructura Genética de los Cromosomas Bacterianos. Genomas de Bacteriófagos. Genómica comparativa. Secuencias en las bases de datos. Diversos métodos y estrategias de secuenciación: clásicos y de nueva generación. Ensamble de secuencias. El Microbioma Humano. Tipos de Genomas residentes en el humano; definición del microbioma humano; importancia para la vida; funcionalidad y su relación con la homeostasis sistémica en humanos; métodos de estudio; el microbioma humano y su asociación con enfermedades; el Proyecto del Microbioma Humano. El Genoma Humano. Tamaño, características, organización. La complejidad del genoma humano: Pseudogenes, Genes agrupados, Secuencias repetidas y no repetidas. Genómica: Mapeo y aislamiento de genes humanos, Mapas físicos y mapas genéticos, clonación posicional, YACs, FISH, Células híbridas e irradiación de células híbridas. El proyecto del genoma humano. Expresión del genoma humano. DNA Repetido. Variación del genoma y su uso en el diagnóstico molecular y en Genética Forense. Tipos de variaciones: RFLPS, VNTRs, STRs, SNPs. Métodos de identificación: Protección contra RNasas, Mapeo de mutaciones por SSCP, ASO. Identificación de individuos por medio de huellas de DNA. DNA mitocondrial. Microarreglos de cDNA, Proteómica y Metabolómica. El Proteoma y sus aplicaciones: microarreglos de anticuerpos, “fingerprinting”. Generalidades de Epigenética, histonas y sus variantes.  2. Regulación epigenética de la herencia. 3. Procesos de compensación cromosómica, ADN metilación e impronta genómica en mamíferos. 4. Inyección de núcleos y reprogramación del genoma. 5. Epigenética en enfermedades humanas y determinantes epigenéticas en cáncer. Farmacogenética y Farmacogenómica. Células Troncales (definiciones y principios). Células Troncales Embrionarias. Células Troncales Somáticas. Aplicaciones terapéuticas: Citoterapia, Ingeniería de tejidos y clonación terapéutica. Células troncales y cáncer. Bases Moleculares del Cáncer: Ciclo celular, apoptosis y cáncer. Oncogenes y antioncogenes. Genes virales implicados en cáncer humano. miRNAs y cáncer. Oncogenómica y Oncoproteómica. Carcinogénesis en etapas múltiples. Vitaminas, Hormonas y cáncer. Vectores Virales y no virales para Terapia Génica. Terapia Génica. Principios. Reparación, reemplazo y silenciamiento génico. Oligonucleótidos terapéuticos: RNAs y ODNs antisentido, Ribozimas y DNAzimas, RNA de interferencia, Aptámeros, Genes suicidas. Micro RNAs. Genómica de Sistemas: Redes de regulación genética; identificación de 'network motifs' a escala genómica; aspectos funcionales de la arquitectura de redes genéticas; ejemplos en la literatura primaria. Enfermedades del Metabolismo: Diabetes, Obesidad y Síndrome Metabólico. Bases moleculares de enfermedades hereditarias: Distrofias Musculares. EnfermedadesGgenéticas causadas por la expansión de tripletes: Distrofia miotónica, Síndrome del X frágil, La enfermedad de Huntington. Bioética. OMGs (organismos Modificados Genéticamente). Modificaciones. Ventajas y desventajas.

CURSO DE BIOINFORMATICA (3 semanas) Coordinadores: Dra. Rosa María Bermúdez Cruz y Dr. Javier Hernández Sánchez.

1. Instalación del sistema operativo Bio-Linux. 2. Manejo de comandos Básicos de Linux e introducción al uso de programas de bioinformática en Bio-Linux
3. Análisis de secuencias de DNA. a) Acceso a secuencias de DNA EMBL: http://www.ebi.ac.uk/ena/
NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore b) Acceso a genomas completos Broad Institute: http://www.broadinstitute.org/scientific-community/data
EnsEMBL: http://www.ensembl.org/index.html EBI: http://www.ensemblgenomes.org/ JCVI: http://huref.jcvi.org/
JCVI: http://gsc.jcvi.org/ NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome university of California, Santa Cruz: http:genome.cse.ucsc.edu
c) Conversión a formatos FASTA, GCG, Pearson, etc EBI: http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi d) Conversión de secuencia a reversa,
complementaria y reversa complementaria EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/
e) Prediccion de genes GeneMark: http://exon.gatech.edu/gmchoice.html GeneMark: http://exon.gatech.edu/genemarks.cgi
GeneMark HMM: http://exon.gatech.edu/hmmchoice.html Glimmer @ NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi
f) Traducción de secuencias de DNA en proteína EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/
g) Frecuencia de uso de codones sinonimos EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/ University of Alberta: http://bioinformatics.org/sms2/codon_usage.html
h) Análisis de homología mediante alineamiento de 2 secuencias local y global. Blast y aplicaciones, Psi-blast, FASTA, LALIGN
NCBI: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
i) Predicción de regiones promotoras BDGP: http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
Softberry: http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=promoter
Queen's University: http://molbiol-tools.ca/promscan/ Technical University of Braunschweig: http://www.prodoric.de/vfp/
University of Groningen (Hidden Markov Models): http://bioinformatics.biol.rug.nl/websoftware/ppp/ppp_start.php
SCOPE @ Dartmouth college: http://genie.dartmouth.edu/scope/ Technical University of Denmark: http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
Boston University: http://biowulf.bu.edu/zlab/PromoSer/ Swiss Institute of Bioinformatics: http://www.ch.embnet.org/software/aBLAST.html
NIH: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ j) Análisis de regiones regulatorias
Centro de ciencias genómicas: http://www.nnb.unam.mx/rsa-tools/
k) Predicción de sitios de unión a factores transcripcionales Promo @ Universidad Politécnica de Catalunya:
http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3 Computational Biology Research Center Japan:
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html TFBind: http://tfbind.hgc.jp/ BioBase (non-free): http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
l) Obtención de patrones de restricción enzimática New England Biolabs: http://tools.neb.com/NEBcutter2/ m) Búsqueda de repetidos:
EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/ Institute for systems biology: http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker n) Diseño de oligos University of Massachusetts Medical School: http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi
4. Análisis e interpretación de datos de Microarreglos de DNA. a) Manejo de tablas de resultados obtenidas de experimentos de microarreglos (Microsoft Excel) b) Análisis estadístico de resultados del microarreglo a través de GenArise. (http://www.ifc.unam.mx/genarise/) c) Análisis bioinformático de los Resultados utilizando herramientas web: 1. FATIGO.(http://fatigo.bioinfo.cnio.es/)
2. KEGG.(http://www.genome.jp/) 5. Análisis de Secuencias de proteínas. a) Acceso a secuencias de proteínas EBI: http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein
b) Cálculo de Peso molecular y punto isoelectrico de proteínas EXPASY: http://web.expasy.org/compute_pi/
EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/ c) Cálculo de composición de aminoácidos
University of Alberta: http://bioinformatics.org/sms2/protein_stats.html EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/ d) Determinación de Propiedades fisicoquímicas de proteínas EMBOSS: http://bips.u-strasbg.fr/EMBOSS/
Expasy: http://ca.expasy.org/tools/protparam.html e) Alineamiento Local y global de proteínas basado en secuencia
Clustal @ EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ BLAST @ NCBI: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
T-Coffee @ Center for genomic regulation, Barcelona: http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular
Muscle @ EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/ f) Predicción de estructuras secundarias NNPredict @ University of California, San Francisco: http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PsiPred @ University College London: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ HHPred @ Max Planck Tubingen: http://hhpred.tuebingen.mpg.de/hhpred
g) Predicción de dominios transmembranales: DASTMFilter @ The Research Institute of Molecular Pathology, Vienna:
http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html Swiss Institute of Bioinformatics: http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
h) Búsqueda de dominios conservados InterProScan @ EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/
Conserved domains database @ NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
Swiss Institute of Bioinformatics: http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html i) Clasificación estructural de proteínas SCOP @ University of Cambridge: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
Enzyme Code @ Swiss Institute of Bioinformatics: http://enzyme.expasy.org/j) Predicción de estructura terciaria Robetta @ University of Washington: http://robetta.bakerlab.org/Swiss Model: http://swissmodel.expasy.org/
HHPred @ Max Planck Tubingen: http://hhpred.tuebingen.mpg.de/hhpred I-TASSER @ University of Michigan: http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/Folding@home @ Stanford University:http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/download.html
Phyre2 @ Imperial College of London:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
k) Acceso a bases de datos de estructuras tridimensionales de proteínas Structure @ NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure Protein Data Bank @ University of California, San Diego: www.rcsb.org/pdb Institute of Molecular Biotechnology, Jena: http://www.imb-jena.de/IMAGE.html l) Introducción a Programas Visualizadores de estructura de proteínas: JMol: http://jmol.sourceforge.net/
RASMOL: http://rasmol.org/Cn3D: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml
m) Identidad de proteínas a partir de espectrometría de masas OMSSA @ NCBI: http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/omssa/omssacgi.cgi?searchsettings=iontrap.xml
Protein prospector @ University of California, San Francisco:http://prospector.ucsf.edu/
Mascot @ Matrix Science: http://www.matrixscience.com/search_form_select.html
a). Transcripción y Traducción de secuencias. http://www.attotron.com/cybertory/analysis/trans.htm
http://www.fr33.net/seqedit.php b) RNA graph representation http://monod.biomath.nyu.edu/rag/home
c) Base de datos de RNA de todos los tRNAs: http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/Baci_anth_str_Sterne/ c) Detección de genes de tRNAs: http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/trnascan-simple.html
d) Predicción de estructura. Energía libre: http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/MobylePortal/portal.py?form=mfold e). Pseudonudos.
http://kinefold.curie.fr/cgi-bin/form.pl f) Alineamiento de RNAs y estructura secundaria
http://rna.informatik.uni-freiburg.de:8080/LocARNA/Input.jsp g) Uso del algoritmo LOGO para análisis de secuencias:
http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi http://www.cbs.dtu.dk/~gorodkin/appl/slogo.html
h) Three-dimensional fragments within RNA structures http://rnafrabase.ibch.poznan.pl/?act=create_query
i) Splicing http://genome.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ http://www.itba.mi.cnr.it/webgene/
j) Poliadenilación http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=polyah&group=programs&subgroup=promoter k) Predicción de terminadores rho-independientes: http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm l) aptamer database http://aptamer.icmb.utexas.edu/ m) Busqueda de riboswitches http://132.248.32.45/cgi-bin/ribex.cgi
n) Busqueda de blancos y microRNAs (Bases de datos de microRNAs) mirbase http://www.mirbase.org/
o) Chaperon activity website http://www.projects.mfpl.ac.at/rnachaperones/ Manejo de secuencias de DNA a partir de datos experimentales a) Revisión e interpretación de electroferogramas de secuenciación de DNA (Programas Chromas, Bioedit)
http://asparagin.cenargen.embrapa.br/phph/ b) Ensamble de secuencias producto de secuenciación (Programa DNAbaser, Geneious). c) Introducción a la inferencia filogenética. Preparación de secuencias para análisis filogenéticos. (Programas ClustalX, Seaview, Mega, Dambe) 8. Instalación y manejo básico del Programa Vector NTI Manejo de la base de datos del programa Vector NTI. Estrategias y herramientas para la construcción y diseño de moléculas de DNA. Simulación de electroforesis en geles para analizar los productos clonados. 9. Filogenia a) Modelos de sustitución nucleotídica b) Inferencia filogenética: Métodos de distancia: UPGMA, Neighbor Joining y medidas de distancia. c) Inferencia filogenética: Métodos de Parsimonia: Técnicas de Máxima parsimonia (investigación heurística, Branch and Bound y Búsqueda exhaustiva, técnicas consenso, longitud de ramas. d) Inferencia Filogenética: Métodos Bayesianos: cadenas de Markov, método de metrópolis, cadenas calientes y frías. e) Inferencia filogenética: Métodos de Máxima Verosimilitud: Técnicas de máxima verosimilitud y parámetros para la estimación de una topología. f) Pruebas estadísticas para valorar árboles filogenéticos: Bootstrap, Jacknife, probabilidades posteriores, probabilidades condicionales, etc. Programas a utilizar: Mega 3.1, Phylip 3.2, Modeltest 2.0, tree-Puzzle 5.2, Mr.Bayes 4.0 PAUP 4.0b and treeview (PAUP no es libre). 10. Genética de Poblaciones a) definición de población b) definición de genética de poblaciones c) estudio de la variación genética d) fuerzas evolutivas y su implicación en la genética de poblaciones e) divergencia genética f) hardy--‐weinberg 1.estadística de fisher 2.ejemplo de hw g) características poblacionales que afectan la variación genética. 1. estructura genética 2.admixture 3.tamaño efectivo de la población 4.desequilibrio de ligamiento 5. cuellos de botella 6. fenómenos de selección h) otras aplicaciones i) ejercicio práctico de aplicación.

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